La Comisión de Organización es la encargada de fortalecer la estructura de organización de la CAPJ en sus distintos niveles, tomando como punto estratégico de partida las vicarias, a través de la integración de sus delegados hasta llegar a los niveles Arquidiocesanos y Nacionales de Participación y Protagonismo.

Su nacimiento surge como una manera de profundizar y capacitar en los roles que son necesarios dentro de la estructura interna de la Comisión Arquidiocesana de Pastoral Juvenil, pero a través del tiempo se le han sumado otras funciones.

Llegar y Organizar a las parroquias y vicarias que no poseen una estructura para el desarrollo de una Pastoral Juvenil.

Promover el establecimiento o el fortalecimiento de Comisiones de Pastoral Juvenil a niveles Parroquiales, Vicariales y Zonales.

Proponer y Desarrollar nuevas estructuras o equipos dentro de la Pastoral Juvenil Arquidiocesana.

Evaluar los roles de participación existentes en los disitintos niveles de organización de la Pastoral Juvenil acorde a los ambientes donde se desenvuelven.

Garantizar la presencia de los delegados vicariales ante la Comisión Arquidiocesana de Pastoral Juvenil.

Armar el Directorio Arquidiocesano de Pastoral Juvenil con la colaboración de los demás equipos arquidiocesanos.

Llevar un seguimiento de la Participación de los Asesores Vicariales.

Visitar todos los Consejos o Comisiones Vicariales de Pastoral Juvenil dentro de la Arquidiocesis.

Conocer el proceso o el desenvolvimiento de los grupos, movimientos o programas dentro de las vicarias relacionados a adolescentes y/o jóvenes.

Dar a conocer la propuesta de trabajo de la Pastoral Juvenil Arquidiocesano, utilizando como marco de referencia el Documento Civilización del Amor, Tareas y Esperanzas.